Ως αρωματικό και φαρμακευτικό φυτό, ο Ύσσωπος είναι αντισπασμωδικό, αντιμυκητικό, αντισηπτικό, αντιβιοτικό, τονωτικό, στυπτικό, στομαχικό καθώς επίσης διαλύει τα αέρια του στομάχου. Το φυτό έχει τη δυνατότητα να μειώσει τον πυρετό. Το αφέψημά του χρησιμοποιείται για γαργάρες καθώς η αναλγητική δράση του βοτάνου καταπραΰνει από τον βήχα και τον πονόλαιμο, όπως επίσης είναι καλό για την καρδιά. Τέλος, ενισχύει το ανοσοποιητικό σύστημα, καθώς είναι διουρητικό και φυσική θεραπεία για το οίδημα.

Ως φαρμακευτικό βότανο, ο Ύσσωπος έχει ανακουφιστικές, αποχρεπτικές και αντιβηχικές ιδιότητες. Το φυτό περιλαμβάνει τα χημικά thujone και φαινόλη, στα οποία προσδίδονται αντισηπτικές ιδιότητες. Οι υψηλές συγκεντρώσεις thujone και των χημικών ουσιών που διεγείρουν το κεντρικό νευρικό σύστημα, μπορεί να προκαλέσουν επιληπτικές αντιδράσεις, όταν λαμβάνονται σε αρκετά υψηλές δόσεις. Το αιθέριο έλαιο Υσσώπου, μπορεί να προκαλέσει επιληπτικές κρίσεις, ακόμα και χαμηλές δόσεις (2-3 σταγόνες), μπορεί να προκαλέσει σπασμούς στα παιδιά.

Έχει επίσης χρησιμοποιηθεί στη συνταγογράφηση οφθαλμικών σταγόνων και στοματικού διαλύματος.

Το βότανο Ύσσωπος, έχει επίσης παρατηρηθεί να διεγείρει το γαστρεντερικό σύστημα.